簡稱共生菌，指棲息在人體表面或黏膜上，但不會損害人體健康的微生物。
共生Symbiosis一詞，不論英文或希臘文，字面意義就是「共同」和「生活」，意即兩種生物體之間生活在一起，產生交互作用，甚至包含不相似的生物體之間的吞噬行為。
這些與人體和諧相處的微生物，大部分是細菌，稱為共生細菌，其數量是人體細胞的10倍；會與人體共同演化，形成一個非常獨特的生態系統。這些細菌存在於身體的特定位置，例如皮膚表面、口腔、腸道、鼻咽腔、生殖道黏膜表面，以及其他為其適當生長和繁殖提供合適環境的解剖位置。
共生細菌不傷害人類，而是提供必需的營養，代謝難以消化的化合物，抵抗機會性病原體的定植，促進腸道結構的發育以及刺激免疫系統等。人體則為共生細菌提供營養和穩定的環境。這種互利共生的相處，以多種方式對人類健康產生複合影響：
  1. 部分透過抑制生長、分解各種食物成分來保護免受各種致病細菌的侵害，並透過合成各種生長刺激因子來幫助吸收以防止其他微生物的定殖；
  2. 有助於增強宿主免疫系統，預防各種疾病，如發炎性腸道疾病、乳糜瀉、風濕病、過敏症和一些神經系統疾病；
  3. 有助於塑造先天性和適應性出生後的免疫狀況；
  4. 透過參與宿主腸道防禦系統，並協助各種腸道代謝功能；
  5. 透過上調細胞間黏附蛋白的表達、支持保護性黏膜層以及直接隔離化學物質來限制腸道對外源性物質的吸收;
  6. 透過改變宿主解毒途徑的獨特細菌酵素的作用，改變藥物、環境毒物和重金屬等外來生物的代謝結果;
  7. 透過競爭腸黏膜表面的營養物質和附著點來抵抗致病菌的入侵。這被稱為「殖民抵抗」；
  8. 透過產生短鏈脂肪酸 SCFA，降低腸道pH值，從而為致病菌的定殖創造不利的條件。

共生菌透過與宿主免疫細胞不斷對話，維持免疫系統的體內平衡，使其能夠在耐受共生菌的同時抵抗病原體。宿主與微生物共生關係的演化，是基於對雙方都有利的相互作用：宿主為微生物群提供營養豐富的環境；共生微生物透過營養加工分泌代謝物，防止病原微生物感染，提供誘導健康免疫發育的訊號，並刺激先天性和適應性免疫反應，以維持體內平衡。
胃腸道是一個巨大的微生物儲存庫，含有約三十八兆個微生物，其中的共生菌主要聚集在迴腸末段與大腸，參與腸道結構和免疫調節過程的發展。有趣的是腸胃道的免疫系統只會對病原菌有免疫反應，卻不會對共生菌產生免疫反應。由於微生物負荷的差異和組織的獨特形態，小腸或結腸等不同區域內的宿主—共生體相互作用，受到不同的調節。這種精細平衡的破壞（菌叢失調）可能會導致發炎反應紊亂，進而引發一系列疾病。
正常的共生腸道微生物群絕大多數的腸道菌屬於非病原菌，一般的情況下對人體並不會有致病的危險，有些反而有保護效果，幫助抵抗病原菌的入侵，有些甚至可以強化免疫系統，甚至減少癌症的發生。
額外補充某些共生菌，像是益生菌（probiotics），可能可以改善共生菌叢的組成，進而改善疾病的嚴重度。例如腸道中的共生菌維持上皮細胞的完整性，刺激它們分泌黏液和抗菌肽（antimicrobial peptides，AMPs），從而有助於維持宿主防禦的穩定基礎水平。杯狀細胞分泌黏蛋白-2，形成網狀黏液層，將大部分微生物群與上皮物理隔離。
又如近年相當夯的次世代益生菌Akkermansia muciniphila（瘦瘦菌，AKK）是一種腸道共生菌，已成為代謝健康和發炎狀況的潛在調節劑。

儘管許多共生細菌物種能夠誘導腸道免疫反應，但脆性桿菌（Bacteroides fragilis）多醣A（PSA）是唯一已知的共生因子，它透過指導細胞和身體免疫發育 [55]、刺激調節性 T 細胞 [51] 以及提供對結腸炎 [51] 和實驗性自體免疫性腦脊髓炎 [56] 等疾病的保護來介導腸道穩態。



參考網址
https://en.wikipedia.org/wiki/Symbiotic_bacteria
https://zenodo.org/records/1259611
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0020751901001655?via%3Dihub
https://www.frontiersin.org/journals/microbiology/articles/10.3389/fmicb.2023.1244293/full
https://baike.baidu.com/item/%E5%85%B1%E7%94%9F%E7%B4%B0%E8%8F%8C/12767028
https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/1475-2859-12-71
https://www.sciencedirect.com/topics/immunology-and-microbiology/commensal
https://zenodo.org/records/1259611


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