又稱益菌元或益菌生，為益生菌的食物，主要是天然食物中不易被人體酵素消化的多糖成分，但是可被消化系統，尤其是腸道中的益生菌（probiotics）代謝，以利菌群生長擴張，或代謝生成短鏈脂肪酸（Short-chain fatty acids，SCFAs）。
益生元可以通過增加有益菌的數量或活性來影響腸道細菌。這可能會降低潛在致病微生物的數量或減少宿主微生物群落的潛在有害代謝活性。益生元還可能影響免疫功能。
國際益生菌及益生元科學協會（International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics，ISAPP）定義益生元為一種「不被人體消化，但可以選擇性的被宿主共生的微生物(益菌)利用，並可促進宿主健康」的物質。
世界衛生組織（World Health Organization，WHO）對益生元的定義則是：「益生元被定義為一種選擇性發酵成分，可導致胃腸道微生物群的組成和/或活性發生特定變化，從而為宿主的健康帶來益處。」
根據WHO《世界胃腸病學組織全球指南》2023年2月公佈的版本，指益生元的概念最初由雷丁大學食品微生物學教授格倫·吉布森（Glenn R. Gibson）博士、比利時魯汶天主教大學的學術研究員馬歇爾‧羅伯弗洛伊（Marcel Roberfroid）博士於1995年共同發表的論文中提出，是比益生菌更新的概念。
論文指出，益生元是不可被消化的食物成分，通常由非澱粉多糖和寡糖組成。攝取益生元可顯著調節結腸菌群，增加特定細菌的數量，從而改變菌群的組成。大多數益生元被用作食品配料，用於餅乾、穀物、巧克力、果醬和乳製品等食品中。

常見的益生元：
  1. 果寡糖（fructooligosaccharides，FOS）又稱寡果糖（oligofructose）、寡果聚糖（oligofructan），是一種天然的寡糖，亦有作代糖使用。
  2. 菊糖（Inulin），也叫菊粉，是一種果聚糖，由果糖分子聚合而成，多存在菊科和桔梗科植物的細胞中（如洋姜），是天然的多醣體，由許多種植物製造。其被認為是一種可溶性纖維，可在消化道中被細菌用作為食物，已是美國FDA認可的可溶性膳食纖維。
  3. 半乳寡糖（Galacto-oligosaccharides，GOS）是寡糖的一種，人體不能吸收，但可以促進益生菌的生長及活躍度，因此常加入嬰幼兒或成人的奶類製品。
  4. 母乳寡糖（Human milk oligosaccharides，HMOs）是簡單糖的短聚合物，為母乳中的主要成份之一，可促進免疫系統的發育，可降低病原體感染的風險，改善腦部發育和認知能力。可作為腸道細菌，特別是雙歧桿菌的食物。最近的研究表明，HMO顯著降低病毒和細菌感染的風險，從而減少了腹瀉和呼吸系統疾病的發生幾率。




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