指活的微生物，通常食用後可透過改善或恢復腸道菌叢，帶來健康益處。活性益生菌培養物是發酵乳製品、其他發酵食品和益生菌強化食品的一部分。人們相信食用含有活菌和酵母的食物，能夠恢復腸道中有益菌的自然數量，從而促進健康。
一般來說，益生菌可以安全食用，並有證據顯示益生菌有助改善某些病症，但在極少數情況下，可能導致細菌—宿主相互作用和不良副作用。
第一個被發現的益生菌是保加利亞乳桿菌（Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus），發現人是保加利亞醫生、微生物學家賽德蒙‧格里戈羅夫（Stamen Gigov Grigorov）。據傳他在自己的結婚宴上，對保加利亞傳統優格感到好奇，在日內瓦的微生物實驗室裡，透過顯微鏡多方觀察。1905年，時年27歲的格里戈羅夫發現了這種用於製作優格的益生菌。時值今日，保加利亞乳桿菌仍是全球製作優格使用的主要菌株之一。
隨著益生菌市場的不斷增長，各類益生菌不斷被發現，學界認為需要對所謂的「益生菌」所帶來的假定益處，有更嚴格的科學證實。世界衛生組織（World Health Organization，WHO）於2001年10月發布公告，把益生菌定義為「以適量攝取可為宿主帶來健康益處的活微生物」（live microorganisms which when administered in adequate amounts confer a health benefit on the host.）。
據此，聯合國糧食及農業組織（Food and Agriculture Organization of the United Nations，FAO）於2002年5月發布《食品中益生菌評估指南》（the Guidelines for the Evaluation of Probiotics in Food），與WHO對益生菌一詞進行共識定義：「泛指在適當的數量下對人體有益的菌株，在人體腸道與許多食物中都不難發現他們的蹤跡。」
2014年WHO更新益生菌的定義：
  1. 施用時，微生物必須有足夠數量的活體。
  2. 應對菌株進行基因鑑定，使用最新的術語進行分類，並以數字、字母或名稱指定。
  3. 必須進行適當的規模和設計研究，以將菌株指定為益生菌，並在益生菌的目標宿主（人類、牲畜、寵物等）中使用該菌株。
  4. 已證實對某種病症有益的菌株可能對另一種應用並不具有益生作用。
  5. 對於人類而言是益生菌，但用於動物實驗的菌株應在實驗測試中，明確指定為人類益生菌。




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