簡稱病原菌，是可引起人類疾病的細菌微生物，特別指能導致傳染病的細菌病原體。大多數細菌是無害的，甚至是有益的，也有些細菌會引起傳染病，但數量不到一百種。
人體不斷暴露於多種細菌之中，大部份的細菌是無害，然而有些細菌是病原體，平時就是人體菌群之一，例如鏈球菌屬、葡萄球菌屬等，都是常見的人類微生物群系，通常附著在人體的皮膚或鼻咽部位。
由於免疫系統的防禦機制，這些病原菌並不會對人體造成傷害，對許多微生物產生天然免疫力或先天抵抗力；；一旦免疫系統減弱，就可能造成皮膚感染或敗血症、肺炎及腦膜炎，若嚴重的話，會導致系統性的發炎反應，造成大規模的血管舒張，休克和死亡。
外來的病原細菌則是機會性感染，一般在免疫抑制或是囊腫性纖維化的人身上發病。這類的病原細菌有綠膿桿菌（又名銅綠假單胞菌）、洋蔥伯克氏菌（又稱伯克霍爾德菌屬）等。
病原菌也會進化，直至具有突破免疫系統，入侵人類的能力，這也代表免疫系統受損的人比較容易因致病菌而罹患疾病。當致病菌損害宿主組織或干擾其功能時，就會出現疾病的症狀。細菌也能透過激發免疫反應（無意中損害宿主細胞）或釋放毒素，直接或間接地損害宿主細胞，並利用宿主細胞作為營養物質，產生廢物，造成直接損害。
病原體侵入宿主的感染途徑，包括飛沫感染、接觸感染、空氣傳播等，接種疫苗、洗手、消毒是預防病毒的有效方法。每種病原細菌都有其特殊的作用，會使感染者出現特定的症狀，但也有些人即使感染病原菌了，也不會出現症狀。有些病原細菌則是要在特定的條件下，才會導致疾病，例如由皮膚上的傷口或性活動進入體內，或是在抵抗力較差的情形下進入人體。
至於疾病和微生物之間的因果關係，可以用柯霍氏法則（註）判斷。常見的細菌如下：
  1. 食品中毒、引起腸胃不適的常見指標性病原菌：沙門氏菌、單核球增多性李斯特菌、霍亂弧菌、金黃色葡萄球菌及腸炎弧菌，以及O157型大腸桿菌、蠟樣芽孢桿菌（俗稱仙人掌桿菌）、志賀桿菌、阪崎腸桿菌、彎曲菌屬（又名曲狀桿菌屬或彎曲桿菌屬）。
  2. 引起呼吸道感染的細菌：肺炎鏈球菌、結核分枝桿菌、百日咳博德氏菌、流感嗜血桿菌等。
  3. 引起皮膚和傷口感染的細菌：金黃色葡萄球菌、耐甲氧西林金黃色葡萄球菌（MRSA，多重抗藥金黃色葡萄球菌，對抗生素具有抗藥性）等，以及化膿性鏈球菌破傷風梭菌。
  4. 影響神經系統的細菌：肉毒桿菌、單核細胞增多性李斯特菌、腦膜炎奈瑟菌
  5. 引起泌尿道和生殖器感染的細菌：淋病奈瑟菌、披衣菌、梅毒螺旋體、大腸桿菌等。
  6. 人畜共通傳染病：從動物傳播的細菌，可感染人類引發疾病，如鼠疫耶爾森氏菌、布魯氏菌屬、炭疽桿菌、鉤端螺旋體屬等。
損害宿主組織的蛋白質分泌，是許多細菌病原體感染過程不可或缺的一部分，另外，革蘭氏陰性菌裂解時，會釋放內毒素。
疾病和微生物之間的因果關係可以用柯霍氏法則來判斷。研究指出，損害宿主組織的蛋白質的分泌，是許多細菌病原體感染過程不可或缺的一部分。
鏈球菌屬及葡萄球菌屬屬於常見的人類微生物群系，一般會在人體的皮膚或鼻咽部位，不過這些細菌也可能造成皮膚的感染，這些病菌也可能造成敗血症、肺炎及腦膜炎，若嚴重的話，會導致系統性的發炎反應，造成大規模的血管舒張，休克和死亡。
註：柯霍氏法則Koch's postulates
是由四項標準組成的一套研究思維，用以建立疾病和微生物之間的因果關係。此法則由柯霍Robert Hermann Koch和勒夫勒Friedrich Loeffler共同於1884年將理論公式化，並於1890年由柯霍獨立修正後公諸於世，並以此為基礎建立炭疽和結核的病原學，但這套思維已被廣泛運用在其他許多疾病上。



參考網址
https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5608399/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28934339/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19868952/


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