衛生福利部頒行的《食品安全衛生管理法》規定，保健食品外盒「需明顯標明成分」，所以益生菌產品外包裝上，可以看到許多菌種名稱，只是有些產品標示的益生菌名稱，未端還加上英文、數字或2者組合的編號，例如克菲爾乳桿菌M1（Lactobacillus kefiranofaciens M1）、LP33（Lactobacillus paracasei 33）等，用以區分同一益生菌家族裡的不同菌株。
菌株學名及編號是其身份證明。菌株名稱是依照國際人類細胞遺傳命名系統（International Committee on Systematics of Prokaryotes，ICSP）所制定的《國際原核生物命名規範》（International Code of Nomenclature of Prokaryotes，ICNP)運作。通常採用二名法（屬名 + 種名），並以拉丁文制定學名。
益生菌的菌株編號，一般由研究機構或菌株收藏中心分配，是指對某一特定菌株進行編號和標識的系統，記錄該菌株的來源、特徵、分類學地位等資訊，用以區分不同來源、性狀、性別或基因型的微生物，可以幫助科學家進行追蹤、識別、研究、比較和管理不同的菌株。
編號可以採用數字、英文字母，或英數組合。以臺灣大學技轉生技業界使用的專利菌株克菲爾乳桿菌M1（Lactobacillus kefiranofaciens M1）為例，M1意指由蒙古（Mongolia)克菲爾中，分離出的第一株克菲爾乳桿菌。而植物乳桿菌（Lactobacillus plantarum，簡稱LP菌）的「家族」就有PS128、K21等。
新的菌株必須經過學界研究、名稱審核等程序，才能確定學名及菌株編號。還在審查中的菌株，則以「sp.」代表單個未命名物種。細菌名稱中有「spp.」字樣，代表不止一個未命名的物種。

細菌編號不同，代表菌株的特性有所差異，以植物乳桿菌為例，目前常用於益生菌產品，包括：
  • 從味噌分離的LPL28：在臺灣取得2項認證，其一是可促进排便的组合物及其用途。其次，菌株的液態培養物可抗發炎以及治療發炎性障礙。
  • PS128：紓壓放鬆、幫助入睡。
  • K21：促進新陳代謝。
  • K37：提升保護力。



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